۱. فرآیند پذیرش و تخلیه کالا (ورود)
این فرآیند شامل مراحل زیر است تا کالا به صورت قانونی و ایمن در انبارها جای‌گذاری شود:

بررسی اسناد: شرکت حمل‌کننده اسناد (مانیفست و اظهارنامه) را ارائه می‌دهد. پس از تطبیق توسط گمرک، مجوز تخلیه صادر می‌شود.
تخلیه و تطبیق فیزیکی: کالا از هواپیما به محوطه پردازش منتقل می‌شود. در صورت وجود هرگونه مغایرت بین کالا و اسناد، صورت‌جلسه کسر و اضافه تنظیم می‌گردد.
تفکیک و بررسی ایمنی (HSE): پرسنل پردازش و HSE کالاها را بررسی می‌کنند تا مشخص شود کالا عادی است یا خاص (مانند مواد خطرناک، دارویی، دمایی و…).
انبارش: کالاهای عادی به انبارهای عمومی و کالاهای خاص با رعایت ضوابط به انبارهای اختصاصی منتقل می‌شوند. پس از جانمایی دقیق، اطلاعات در سامانه (مانیفست) پاک‌نویس شده و رسید نهایی صادر می‌گردد.

۲. فرآیند خروج و بارگیری کالا (خروج)
این فرآیند برای اطمینان از صحت خروج کالا و تسویه حساب‌های مالی انجام می‌شود:

تشریفات اداری و مالی: مشتری پس از دریافت مجوز خروج از گمرک، نسبت به تسویه هزینه‌ها و ارائه بیمه‌نامه به واحد صدور اسناد اقدام کرده و بیجک (مجوز بارگیری) دریافت می‌کند.
بارگیری: وسیله حمل پس از توزین خالی، وارد محوطه شده و بارگیری انجام می‌شود. در صورت ارائه خدمات جانبی، هزینه‌های مربوطه محاسبه و پرداخت می‌گردد.
بررسی و تایید نهایی:
در صورت عدم مغایرت: بیجک نهایی الکترونیکی صادر شده و پس از مهر گارد گمرک، اجازه خروج صادر می‌شود.
مغایرت جزئی: کالا موقتاً متوقف شده، ایرادات تایپی یا جزئی اصلاح، هزینه‌های احتمالی پرداخت و سپس فرآیند خروج ادامه می‌یابد.
مغایرت قطعی: کالا به انبار بازگشت داده شده (تخلیه مجدد)، هزینه‌های جانبی (صفافی، تخلیه و…) دریافت می‌شود و پس از رفع نقص، وسیله حمل اجازه خروج می‌یابد.
خلاصه کلیدی:

فرآیند ورود بر تطبیق اسناد با ماهیت کالا و ایمنی (HSE) متمرکز است، در حالی که فرآیند خروج بر تسویه حساب مالی، تطبیق نهایی بار با اسناد و نظارت بر وزن و نوع کالا برای جلوگیری از هرگونه خطای خروج تأکید دارد.